Родился 27 сентября 1962 года в г. Колпашево Томской области. Женат, имеет двух сыновей.
В 1982 году окончил Иркутское авиационное училище гражданской авиации, в 2008 году — Томский государственный университет по специальности «Государственное и муниципальное управление».
С 1982 по 1988 год работал в Колпашевском авиаотряде ЗСУ ГА. В 1988–1997 годах — в Каргасокском СПТУ-22. В 1997–1999 годы был заместитель главы администрации Каргасокского района по социальным вопросам. С по 1999 по 2012 занимал должность главы Каргасокского района. В 2012 году назначен на должность заместителя губернатора Томской области по взаимодействию с органами местного самоуправления. На ноябрь 2014 года был освобожден от данной должности.
Согласно официально опубликованным на сайте правительства региона сведениям о доходах должностных лиц, в 2013 году доход Рожкова Анатолия Михайловича составил 4 млн. 136 тыс. руб., супруги - 2 млн. руб. в собственности чиновника находится земельный участок для ведения ЛПХ площадью 1500 кв.м. Супруге принадлежит земельный участок под ИЖС площадью 1034,3 кв.м., квартира - 58,4 кв.м. и жилой дом 372,6 кв.м.
Официальный сайт правительства
ИТ-директора российских регионов