Родился в Хомутовском районе Курской области.
На службу в милицию поступил в 1983 году. Работал инспектором БХСС ОВД Дмитриевского райисполкома Курской области.
В 1987 году назначен старшим инспектором ОВО при ОВД Дмитриевского райисполкома Курской области, а с 1992 года - оперуполномоченным группы по борьбе с преступлениями в сфере экономики КМ ОВД Дмитриевского района Курской области.
В 1993 году закончил Высшую юридическую заочную школу МВД России по специальности правоведение. В том же 1993 году назначен на должность заместителя начальника ОВД Дмитриевского района Курской области.
В 1995 году заместителем начальника ОВД Курчатовского района Курской области – начальником отделения милиции по обслуживанию зоны расположения АЭС.
В 1997 году утвержден в должности начальника ОВД муниципального округа Рязанский УВД ЮВАО г. Москвы.
В 1998 году по семейным обстоятельствам пришлось вернуться в Курскую область.
В 1998 году он назначен на должность заместителя начальника ОВД Курчатовского района Курской области, начальником КМ.
В 2002 году переходит на службу в УВД Восточного административного округа г. Москвы, на должность начальника МОБ. В том же 2002 году становится начальником Управления собственной безопасности ГУВД г. Москвы.
22 января 2004 года Михаил Анатольевич Бородин Указом Президента назначен на должность начальника УВД по Юго-Восточному административному округу г. Москвы.
В 2005 году Указом Президента присвоено специальное звание генерал-майор милиции.
Указом Президента РФ №1133 от 20.09.2010г. генерал-майор милиции Бородин назначен начальником ГУВД по Свердловской области.
Указом Президента Российской Федерации Д.А. Медведева от 24.03.2011 года присвоено специальное звание генерал-майор полиции. Этим же указом он назначен на должность начальника Главного управления Министерства внутренних дел Российской Федерации по Свердловской области.
Указом Президента Российской Федерации Д.А. Медведева №1482 от 9.11.2011 года присвоено очередное звание генерал-лейтенант полиции.
По состоянию на 25 января 2013 года занимает пост начальника Главного управления Министерства внутренних дел Российской Федерации по Свердловской области.
Мастер спорта СССР по дзюдо.
Имеет государственные и ведомственные награды.
Женат. Двое дочерей.