Родился 8 апреля 1965 года в станице Чамлыкская Лабинского района Краснодарского края.
После смерти родителей в 1978 году воспитывался в детском доме. В 1980 году приехал в Астрахань и поступил учиться в ГПТУ-9 по специальности «моторист-матрос». В 1983 году поступил на учебу в Астраханское речное училище на специальность «судовождение». После окончания училища с 1986 года и до 1992 года работал боцманом на судах загранплавания.
С 1993 по 1997 год работал на предприятиях в сфере малого бизнеса.
В 1997 году принял участие в выборах депутатов Астраханского областного законодательного собрания и победил. Сергея Анатольевича избрали председателем постоянной комиссии по проблемам малого и среднего предпринимательства.
В 1999 году Сергей Боженов окончил юридический факультет Астраханского государственного педагогического университета. В 2000 году с отличием окончил Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности «Государственное и муниципальное управление». В 2002 году с отличием окончил обучение в Саратовском государственном социально-экономическом университете (отделение «Финансы и кредит»).
Сергей Анатольевич Боженов являлся инициатором ряда общественно-политических и благотворительных акций, имеющих большой резонанс среди жителей города. Таких как «Астрахань без наркотиков», акции «Дни чистоты», оказание помощи семьям солдат, погибших и раненных в Чечне, многодетным семьям, а также пострадавшим от теракта в Астраханской области.
В октябре 2001 года на выборах в Государственную Думу Астраханской области он вновь побеждает и становится председателем комитета по государственной политике, законности, правопорядку и безопасности. Он стал инициатором ряда поправок к федеральному законодательству, среди которых ограничение рекламного времени в детских и образовательных программах на телевидении, ограничение рекламы пива, ужесточение наказания за изготовление и распространение наркотических средств и фальсификацию лекарственных препаратов.
В 2004 году принимает участие в выборах мэра г. Астрахани и одерживает уверенную победу.
В 2007 году Сергей Анатольевич Боженов защитил кандидатскую диссертацию в Российской Академии Государственной службы при Президенте РФ. Кандидат политических наук. В 2010 году ему присуждено звание «Почетный профессор АГТУ».
11 октября 2009 года вновь одерживает убедительную победу на выборах Главы муниципального образования «Город Астрахань», набрав 65,56% голосов избирателей.
4 декабря 2011 года избран депутатом Государственной Думы шестого созыва в составе федерального списка кандидатов, выдвинутого Всероссийской политической партией «Единая Россия».
17 января 2012 года Указом Президента РФ Дмитрия Медведева Сергей Боженов назначен временно исполняющим обязанности Главы Администрации Волгоградской области.
В конце января 2012 года Сергей Боженов был выдвинут партией Единая Россия в качестве кандидата на пост губернатора Волгоградской области.
Назначение Сергея Боженова эксперты связывают прежде всего с задачей проведения успешных президентских выборов для Владимира Путина. Будучи мэром Астрахани, господин Боженов добился для «Единой России» на декабрьских выборах в Госдуму более 60% голосов. Появление назначенца из Астрахани в Волгограде взволновало местных политиков: угроза замены волгоградских чиновников на их коллег из соседнего региона была главной темой в кулуарах власти последние два дня. [1]
2 апреля 2014 года Президент России Владимир Путин подписал указ об отставке главы администрации Волгоградской области Сергея Боженова по собственному желанию, говорится в сообщении пресс-службы Кремля. Временно исполняющим обязанности губернатора назначен Андрей Бочаров.
«Назначить Бочарова Андрея Ивановича временно исполняющим обязанности Губернатора Волгоградской области до вступления в должность лица, избранного Губернатором Волгоградской области», — говорится в тексте указа.
Сергей Боженов награжден в 2008 году медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, в 2007 году - орденом Святого Благоверного князя Даниила Московского III степени, в 2008 году - орденом Святого Благоверного князя Даниила Московского II степени, в 2008 году - Почетной грамотой Губернатора Астраханской области, в 2008 году - медалью ордена «За заслуги перед Астраханской областью», в 2010 году - дипломом за II место в V Всероссийском ежегодном Конкурсе муниципальных образований в номинации «Лучший глава муниципального образования» среди городских округов - административных центров.
Сергей Анатольевич женат, воспитывает двух дочерей.
"ЕР" выбрала кандидатов в главы Архангельской и Волгоградской обл.