В 1999 с отличием окончил Финансовую академию при Правительстве РФ с присвоением квалификации экономист по специальности «Финансы и кредит».
Свою карьеру Евгений Чаркин начал с работы финансовым контролером в крупной международной логистической компании «ФМ Ложистик» в 1998 году. Впоследствии работал также старшим консультантом в департаменте управленческого консалтинга компании «Актис Системс», участвовал в проектах разработки стратегии развития электронного бизнеса для крупных российских и зарубежных компаний.
В 2002-2003 гг. Чаркин занимал должность заместителя начальника управления проектов в области информационных технологий, автоматизации и связи в ГМК «Норильский никель».
В 2003-2012 гг. работал на руководящих должностях в области информационных технологий в «Северстали», с 2008 года - ИТ-директором.
В 2012 году Евгений Чаркин был признан лучшим ИТ-директором в сфере «Металлургия» (по версии газеты «Коммерсантъ»).
В 2012-2014 гг. Евгений Чаркин занимал должность директора департамента по информационным технологиям в госкорпорации по атомной энергии «Росатом». На этом посту он сменил Владимира Пасынкова, который в сентябре 2012 года перешел на работу в Сбербанк-Технологии.
Под руководством Чаркина на предприятиях «Росатома» велась реализация масштабной программы трансформации ИТ, принятой госкорпорацией на 2009-2015 гг. К ее ключевым задачам относятся внедрение унифицированных бизнес-процессов и поддерживающих их ИТ-систем, внедрение систем управления производственными процессами, внедрение современных практик управления, а также трансформация самой ИТ-службы «Росатома» в сторону повышения ее эффективности.
В числе крупнейших проектов в рамках программы, над которыми шла работа под эгидой Чаркина - внедрение на предприятиях госкорпорации типовых систем для управления предприятием на базе SAP и «1С», создание корпоративного и резервного ЦОДов, корпоративной сети передачи данных, внедрение системы электронного документооборота на базе EMC Documentum.
В августе 2014 года Евгений Чаркин перешел на работу в «Металлоинвест» на позицию директора по информационным технологиям. Информация об этом появилась осенью на сайте самой компании. До Чаркина должность ИТ-директора в «Металлоинвесте» занимал Михаил Иванов.
В мае 2013 г. Евгений Чаркин в интервью TAdviser рассказал о ходе реализации программы трансформации ИТ в «Росатоме».
Евгений Чаркин о себе и о компании
Интервью с Е. И. Чаркиным