Родился 19 декабря 1961 г. в Ужгороде (Украинская ССР), окончил Московский институт инженеров железнодорожного транспорта (Московский государственный университет путей сообщения) по специальности «автоматизированные системы управления».
В 2007 г. получил степень MBA в Стокгольмской школе экономики.
Занимался внедрением информационных систем на железнодорожном транспорте, работая в Главном вычислительном центре Министерства путей сообщения (ныне – Главный вычислительный центр РЖД) и Всесоюзном научно-исследовательском институте железнодорожного транспорта (ныне – дочерняя компания РЖД, ОАО «Научно-исследовательский институт железнодорожного транспорта»).
В 1998 г. возглавил Департамент финансовых и аналитических систем российского системного интегратора ЛАНИТ, занимался информатизацией Банка России и коммерческих кредитных учреждений.
С 2001 г. в должности директора Отделения систем управления и консалтинга ЛАНИТ курировал внедрение ERP-систем в коммерческих и государственных структурах. Будучи вице-президентом ЛАНИТ, создал Центр приоритетных программ, разрабатывавший информационные решения для ведомств и организаций, участвующих в реализации нацпроектов и других приоритетных правительственных программ.
Работал директором отделения систем управления финансовыми и производственными ресурсами компании "Ланит".
В марте 2013 года замруководителя ДИТ Москвы Евгений Духонин покинул ведомство. Он курировал вопросы материально-технического обеспечения и кадров. В круг его обязанностей также входила разработка регламентов в сфере госзаказа, а также согласование плановых и отчётных документов подведомственных предприятий.
Как сообщили столичном ИТ-департаменте, еще одним важным направлением его работы была организация выставочных и деловых мероприятий. В частности, при непосредственном участии Духонина московское правительство в 2012 г. приняло участие в крупнейшей международной ИТ-выставке CeBIT в Ганновере. «Многие в мэрии запомнили бывшего зама как организатора так называемых "ИТ-дней" - серии обучающих семинаров для чиновников. Москвичам он запомнится как организатор выставки в сфере городских электронных сервисов "Инфосити"», - отметили в ведомстве.
Соавтор монографии `Управление эффективностью бизнеса. Концепция Business Performance Management` (Альпина Бизнес Букс, М., 2005).
За значительный вклад в развитие Москвы награжден медалью «В память 850-летия Москвы».
Женат, воспитывает дочь.