Александр Худилайнен родился 2 мая 1956 года в деревне Злобино Калязинского района Калининской области РСФСР. С 1961 года проживает в деревне Большая Ивановка Гатчинского района Ленинградской области. В 1979 году окончил Ленинградский механический институт (Военмех) по специальности инженер-механик.
Трудовую деятельность Александр Худилайнен начал на промышленных предприятиях:
С 1987 года работает в органах местного самоуправления Гатчинского района:
В 1999-2001 годах Худилайнен курировал в районной администрации вопросы жилищно-коммунального и дорожного хозяйства, строительства, пассажирского транспорта и связи.
Под руководством Худилайнена разработана «Концепция стратегического развития муниципального образования „Гатчинский район“ на период до 2010 года».
В 2004 году стал кандидатом экономических наук, защитив диссертацию по теме «Методы диагностики и прогнозирования бюджетной эффективности производственных систем»
В 2007 году был кандидатом в депутаты Законодательного собрания Ленинградской области от партии «Единая Россия», возглавлял список западной региональной группы. От депутатского мандата отказался.
В сентябре 2007 года стал председателем Президиума Совета муниципальных образований Ленинградской области.
Указом Президента России от 29 декабря 2007 года № 1783 включён в состав совета при Президенте Российской Федерации по развитию местного самоуправления.
27 мая 2011 года избран на должность секретаря регионального политсовета партии «Единая Россия».
На выборах 4 декабря 2011 года избран депутатом законодательного собрания Ленинградской области по списку партии «Единая Россия». 15 декабря 2011 года стал председателем законодательного собрания.
22 мая 2012 года назначен исполняющим обязанности Главы Республики Карелия.