Анатолий Кондратьев окончил[1] Московский авиационный институт по специальности «Динамика полета и система управления летательными аппаратами», а также аспирантуру, преподавал в стенах родного вуза.
В 1975-1990 гг. занимался аналитической деятельностью, работая старшим научным сотрудником в Институте стратегических исследований. Он организовал международный логистический клуб и стал, практически, одним из основателей авиационной логистики и экспресс-перевозок в России.
В 1993 году Анатолий Кондратьев был избран президентом Ассоциации экспресс-перевозчиков, а в 1997 году - президентом Ассоциации авиационных грузовых перевозок.
По данным базы «Контур-Фокус», Анатолий Кондратьев вместе со своим сыном Сергеем Кондратьевым числится учредителем фирм «Класс и К-телеком» и «КоннектСтрой». Первая из них была образована в 2004 году и работала под брендом Classtel, позиционируясь как телекоммуникационная компания-интегратор. В свою очередь, «КоннектСтрой» была образована в 2008 году. По состоянию на середину 2015 года эта компания находится в процессе банкротства.
В 2007 году Анатолий Кондратьев вместе с Олегом Киселевым образовал компанию «АйЭмТи». Ей принадлежит облачный ЦОД Cloud DC, запущенный в 2015 году в ОЭЗ «Зеленоград». В «АйЭмТи» Анатолий Кондратьев занял должность председателя совета директоров.
Анатолий Кондратьев занимался актуальными вопросами безопасности авиаперевозок и недопущения перегрузов, сформулировал требования к операторам по загрузке самолетов, включил в ресстр такой новый вид деятельности, как экспресс-перевозки и деятельность российских авиационных операторов.
Анатолий Кондратьев - член Комитета по логистике при Торгово-промышленной палате РФ, Экспертного совета по вопросам таможни в Госдуме. Активно сотрудничает с Российским союзом промышленников и предпринимателей и ФТС.