Экс-руководитель Федерального агентства по информационным технологиям (ФАИТ).
Родился 4 февраля 1945 года в г. Москве. В 1968 году окончил Московский энергетический институт по специальности «электронная техника», в 1973 году — механико-математический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова по специальности «математика».
С 1969 года по 2003 год проходил военную службу в органах государственной безопасности. В 1991 году после образования Федерального агентства правительственной связи и информации возглавил научно-исследовательский центр ФАПСИ. В 1993—1999 годах занимал должность заместителя генерального директора Агентства. В мае 1999 возглавил ФАПСИ. В марте 2003 года, после расформирования Агентства, был назначен первым заместителем министра обороны, и.о. председателя Государственного комитета по оборонному заказу. Воинское звание — генерал армии.
Во время работы в ФАПСИ Матюхин среди прочего курировал научно-технический центр «Атлас», кузницу передовых технологий, непосредственно участвовал в разработке приоритетных информационных проектов — «Деловой сети», закрытой пейджинговой и мобильной связи для первых лиц страны, создании системы пластиковых карт для безналичных платежей.
Однако первоначально карьера его сложилась не слишком удачно. Тогдашний шеф ФАПСИ Александр Старовойтов невзлюбил Матюхина. В 97-м году генерал был отстранен. Более полугода он находился в распоряжении директора, а затем был сослан в штаб ФАПСИ на полковничью должность, где и пребывал до своего назначения.
Говорили, что причиной назначения Матюхина на должность главы ФАПСИ были предстоящие президентские и парламентские выборы, роль ФАПСИ в которых далеко не последняя. «Очевидно, что Кремль хочет видеть в этом кресле человека как минимум доверенного. Каковым Матюхин и является», — писал в 1999 году Александр Хинштейн в газете «Московский Комсомолец».
С 8 июня 2004 года по февраль 2010 г. - руководитель Федерального агентства по информационным технологиям.
С 16.12.2010 работает в должности заместителя Генерального директора ОАО «НИИАС».
Доктор технических наук, действительный член Академии криптографии Российской Федерации, Российской академии инженерных наук и Международной академии связи. Лауреат Государственной премии Российской Федерации, лауреат премии CNews AWARDS 2007 (За личный вклад в развитие электронного межведомственного взаимодействия).
Женат, имеет сына.