Муханов Андрей Юрьевич родился 23 июля 1962 года в Москве. В 1984 году окончил Военный инженерный Краснознаменный институт им. А.Ф.Можайского по специальности «радиоэлектронные средства». Имеет квалификацию «военный радиоинженер», а также «специалист в области управления». Владеет английским, нидерландским и французским языками.
С 1979 по 2008 год проходил службу в Вооруженных Силах. Работал в центральном аппарате Минобороны России, последняя занимаемая должность — начальник группы Управления внешних отношений Министерства обороны Российской Федерации.
С февраля по май 2009 года — начальник отдела Департамента международного сотрудничества Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
В мае 2009 года назначен директором Департамента международного сотрудничества Министерства связи и массовых коммуникаций Российской Федерации.
Есть дочь.