Валерий Пустарнаков родился в башкирском городе Салават в 1955 году.
В 1978 году окончил факультет радиотехники Военно-космической академии имени А. Ф. Можайского, а в 1985 году – Военную академию имени Ф. Э. Дзержинского.
В 1985-1999 гг. проходил службу в научных организациях Министерства обороны России и на предприятиях оборонно-промышленного комплекса.
В 1999-2004 гг. руководил Федеральным государственным предприятием «Аттестационный центр Желдоринформзащита Министерства путей сообщения РФ».
Кандидат физико-математических наук, старший научный сотрудник.
В 2004 году Министерство путей сообщения было упразднено, и в тот же год Валерий Пустарнаков создал и возглавил компанию ООО «Газинформсервис».
Женат, есть сын и внуки