Родился в Московской области. Впоследствии переехал в Ленинград.
В 1969 году завершил обучение в средней школе N 469 Сестрорецкого района г. Ленинграда. Окончил в 1974 году арктический факультет Ленинградского высшего инженерного морского училища им. адмирала С.О.Макарова (в н.в. Государственная морская академия им. адмирала С.О.Макарова).
Трудовую деятельность начал инженером Усть-Камчатского аэропорта.
В 1975 году избран вторым секретарем Усть-Камчатского райкома ВЛКСМ. Затем был направлен в Высшую комсомольскую школу при ЦК ВЛКСМ, которую окончил в 1979 году, получив диплом с отличием о высшем политическом образовании.
В 1979-1983 годах избирался вторым и первым секретарем Всеволожского горкома ВЛКСМ Ленинградской области, работал заведующим отделом спортивной и оборонно-массовой работы Ленинградского обкома ВЛКСМ.
В 1983-1990 годах работал инструктором отдела административных органов, а затем государственно-правового отдела Ленинградского обкома КПСС.
С 1990 года на работе в таможенных органах Российской Федерации. Заместитель начальника Северо-Западного управления Государственного таможенного контроля СССР.
В 1993 году назначен начальником Управления кадров и учебных заведений ГТК России, а в 1996-2002 годах являлся начальником Северо-Западного таможенного управления, членом Коллегии ГТК России.
В ноябре 2004 года назначен первым заместителем руководителя Федеральной таможенной службы Российской Федерации. Под его руководством осуществлялись формирование современных таможенных органов в Северо-Западном федеральном округе, создание и становление Российской таможенной академии, разработка и введение в действие единой информационной системы таможенных органов.
В 2000 году Указом Президента России Шамахову В.А. присвоено специальное звание генерал-полковник таможенной службы.
В 2002-2004 годах Шамахов В.А. работает ректором Северо-Западной академии государственной службы и заведующим кафедрой государственной службы и кадровой политики.
С 2009 года - заместитель Председателя Попечительского Совета Академии.
В апреле 2007 года Шамахов В.А. назначен заместителем руководителя Аппарата Правительства Российской Федерации. Указом Президента России ему присвоен классный чин действительного государственного советника Российской Федерации 1 класса. На этом этапе деятельности он участвовал в разработке и сопровождении ряда приоритетных государственных программ, был председателем Общероссийского Совета муниципальной службы, а также в составе некоторых правительственных комиссий.
С 2009 года Шамахов В.А. является советником и заместителем Председателя Правления ОАО АКБ «Связь-Банк», а в 2010-2011 годах членом Правления и управляющим Санкт-Петербургским филиалом Банка.
С мая 2011 года исполняющий обязанности ректора Северо-Западной академии государственной службы.
С сентября 2011 года - директора Северо-Западного института РАНХиГС.
На 10 января 2013 года занимает должность ректора Северо-Западного института РАНХиГС.
Шамаховым издано более тридцати научных работ и публикаций. Он работал заведующим кафедрой финансовой стратегии Института Международного бизнеса и Права. Избран академиком Международной академии экологии и безопасности, почетным доктором государственной морской академии им. адмирала С.О.Макарова, профессором Санкт-Петербургского государственного университета экономики и финансов, а также академиком Международной Академии финансовых рынков стран с развивающейся экономикой (Университет Нью-Йорка).
Шамахов В.А. является вице-президентом общественной организации «Союз промышленников и предпринимателей Санкт-Петербурга», членом Президиума Межрегиональной общественной организации «Межотраслевой Союз транспортников и предпринимателей» и членом Общественного Совета при ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области. Он избран Президентом саморегулируемой организации «Первая Гильдия строителей», председателем Попечительского Совета Санкт-Петербургского Благотворительного общественного фонда поддержки и развития государственного заповедника «Павловск», а также членом Клуба друзей музеев-заповедников «Царское Село» и «Исаакиевский собор».
Большой поклонник физкультуры и спорта. С 1996 года президент Федерации тенниса Северо-Западного региона. Входил в Совет директоров футбольного клуба «Зенит». Учредитель Санкт-Петербургского клуба дзюдо «ЯВАРА-Нева».
Удостоен Благодарности Президента России. Награжден девятью медалями, орденом Льва Финляндии, орденом «Святого Владимира» Русской Православной церкви и другими знаками отличия.
Женат. Дети: сын и дочь.